靖难之役余波中的元朝都市与文化自然景观下的变迁
朱棣登基之日，燕军入南京后，他在皇宫中放火，这一举动导致朱允炆的下落成谜。朱棣进入南京后，派人寻找马皇后的遗体，并将其认定为朱允炆，悲痛地哭着说：“傻小子，为何如此？”。随后六月二十日，以天子礼葬了朱允炆，使得建文帝被假装已死。而关于建文帝的真实下落，一直成为一个历史上的迷题。据说郑和出海之一目的就是为了搜寻这位失踪的君主。
进入南京之后，翰林院编修杨荣提醒朱棣先行祭陵或即位。在六月十七日，朱棣谒孝陵并于当天即皇帝位，被尊称为明太宗（后改名成祖）。他重建奉天殿，并刻制玉玺。同年十一月十三日，将王妃徐氏封为皇后。
靖难之役结束后，朱棣不承认建文年号，将其元、二、三、四年改为洪武三十二至三十五年，然后又更名为永乐元年。他还恢复了在靖难初期因离间而被贬官员们的职务，以及取消了一些有利于民生的法律规定，如减轻田赋等。但同时，也废除了与前朝相悖的一些法律规定。
诛杀前臣
靖难之役胜利之后，朱棣向京城发布公告，说是要清除那些参与挑唤骨肉相残的人，但实际上却大肆屠杀许多忠良旧臣。一时间，“瓜蔓抄”、“铁铉割鼻”的惨剧频发。方孝孺以“燕贼篡位”书案遭逮捕，被腰斩于聚宝门外，其家族共八百七十三人被灭族，而他的亲属、门生、朋友也都遭到残酷处置。这场浩劫持续了很久，最终直到明仁宗时期，大多数人的罪名才得到了昭雪，而他们的家人仍然面临着不幸。此外，还有一些旧臣如卓敬、暴昭等，他们虽然没有直接卷入政治斗争，却因为与建文帝有过交往而受到牵连，被迫流亡或受尽苦楚。
