明朝能力排名表靖难之役的自然后续考量
朱棣登基后，首先派人寻找马皇后的遗体，以便向其确认朱允炆的身份。六月二十日，他以天子之礼安葬朱允炆，造成建文帝已故的假象，而朱允炆的下落成为了一个未解之谜。据说，郑和下西洋之一原因就是为了寻找建文帝的踪迹。
在南京城内，翰林院编修杨荣提醒朱棣：“殿下先行祭陵乎？还是先即位？”这番话让朱棣重新思考他的行动。在接下来的一段时间里，一些王公大臣多次上书劝进，但都被朱棣拒绝。最终，在六月十七日，朱棣前往孝陵进行祭祀，并在当天即皇帝位，被尊称为明太宗（后改名为成祖）。他重建了奉天殿，并刻制了玉玺。此外，他还将自己的妻子徐氏封为皇后。
随着新的政权建立起来，一系列关于建文年号的问题也随之解决。在七月初一（或六月十八），他决定更改建文元至四年的年号，将其更换为洪武三十二至三十五年，然后再将这一时期统称为永乐元年。此外，他还恢复了那些因离间而被贬官的人职务，并废除了许多与前朝不符的法律规定。不过，这并不意味着所有有利于民生的法规都会得到保留，有些甚至比以前更加苛刻。
靖难之后，朱棣对那些参与反对他的藩王采取严厉措施。他发布公告声言，只要他们能够坚守自己的封地，就不会遭受牢狱之灾。但实际上，这种做法导致了一系列冤狱和残酷处罚，其中包括诛杀齐泰、黄子澄、方孝孺等人，以及灭族。这场清洗中，有873个人因为方孝孺而死，其它相关人员也遭到了惨淡处理。而对于景清，因为密谋刺杀而失败，最终也是被杀并灭族。这些事件使得许多忠诚于旧朝的人士受到牵连，他们家属亲友也因此遭受苦难直到明仁宗时代才得以赦免。
此外，还有大量其他旧臣如卓敬、暴昭、练子宁等，他们由于忠心耿耿，被迫忍受极端痛苦，如铁铉被割鼻耳塞入口中问是否甘心，也是典型例证。而很多人的家属及亲人都因为这些事件而丧命，或流放或沦为妓女，或面临其他形式惩罚直到明神宗时才得以赎罪。在这个过程中，不乏像魏国公徐辉祖这样的人物，因嫉恨黄观而失去爵位，但最终仍然能保住性命。而黄观则失去了状元资格，更是不幸的是铁铉，因不屈原则，被凌迟灭族。
