明朝内阁与清朝军机处的差异犹如辽金之战在正史中的隐匿
翰林院作为皇帝的顾问和秘书，源远流长至唐高宗时期。明朝废除宰相制，朱棣以几名翰林入值文渊阁参预机务，内阁制度逐渐形成。此时内阁不同于宰相，不仅不统驭六部，更受限于内监。
学者张飞燕在《紫禁城杂志》中对此进行了深入探讨。故宫最初建立的内阁，是翰林院的一个特殊职能分支机构。在宣德年间，宣宗命阁臣代为批答奏章，使得阁臣独立批答，同时办公地点由御前转移到文渊阁。
为了适应这一变化，在永乐时期新署落成后翰林院迁出，并将文渊阁正式定为内阁官署。因此史料中对于永乐时期参与机务的地点皆云“东角门内”、“奉天门内”，而后人记载正统以后的则直接指称“文渊阁”。
这一次从御前到文渊 阙的一次变革，一方面使得内阁由临时性设施转变为永久性机构，其拥有自己的官署，不再是御前的侍从幕僚，而是明代中枢的大臣；另一方面，这表面看似升级的地位，却为宦官擅权创造了条件。
清朝入关后恢复明朝的制度，但规模庞大，有288人正规编制。然而，它们只负责一般事务，而重大和机密的事务则由议政王大臣会议办理。在康熙新政后，由于皇帝亲自处理政务，便需要一个新的机关来处理机要事宜，因此军机处成立，以便更好地控制中央决策。
雍正帝因用兵西北而设立军机处，将其设在隆宗门内部。这一机构主要负责办理重要且敏感的事务，所以必须保持高度保密。而这些工作人员不但没有其他高级官员那么多权限，而且即使是王公，也不得擅自进入他们工作的地方，即便是最高级别的大臣，没有特许也不能进入军机处值班房。如果非要进入，还需经过严格审查。
总结来说，尽管两者的职责有所不同，但它们之间存在着紧密合作关系。一方面，他们各司其职，对外交互配合；另一方面，他们都服务于一个共同目标——维护帝国稳定并确保皇权不被侵蚀。但无论如何，这种体制最终导致了清末的衰败，因为它缺乏灵活性和创新能力，从而无法适应快速变化世界中的挑战，最终导致帝国覆灭。
