靖难之役余波元代历史背景绘景
朱棣登基之举，燕军入南京后，他弟弟朱允炆在宫中纵火，自此其踪迹成谜。朱棣入城后，寻得马皇后的遗体，将其认定为朱允炆，并与之痛哭“傻小子，何苦如此！”随后，以天子礼葬朱允炆，使人相信建文帝已去世。而关于建文帝的下落，则成为一大历史迷团。据说郑和下西洋之一目的便是探寻这位皇帝的踪迹，而胡濙则秘密调查江浙一带。
进入南京后，翰林院编修杨荣提醒了朱棣：“殿下先祭陵乎？先即位乎？”次日（建文四年六月十四），诸王及文武群臣多次上表劝进，但朱棣未予考虑。数日后（六月十七），他谒孝陵，并于当日即皇帝位，是为明太宗（后改称成祖）。重建奉天殿、刻玉玺。此外，他将徐氏封为皇后。
靖难之后，朱棣不承认建文年号，将其改为洪武三十二至三十五年，然后更改为永乐元年。他恢复了被贬官员的职务，如吴高；废除了建文时期的一些改革措施；并且废除了与太祖相悖的法律规定。但一些对民有利的规定也被撤销，如减轻田赋政策。
诛杀前臣
在靖难结束後，朱棣向京城发布公告：“固守封地藩王因左班奸臣挑唤骨肉被残害，所以不得不起兵诛杀他们，以扶持江山社稷和保安亲藩。今拟定的奸臣，有罪者不敢赦免，无罪者不敢诛杀，如若误伤受到牵连又祸及到伤亡，不是靖难本意。”
因此，在1402年的6月25日，他诛杀齐泰、黄子澄、方孝孺及其族人。在方孝孺事件中共有873人受牵连而死，其它犯错的人数千余。而黄子澄受牵连者的数量达到了345人。此外，还有景清等人因为密谋刺杀而遭处决，他们家乡也遭到屠灭，被称作“瓜蔓抄”。
此外，一些忠心耿耿但最终无法幸存或获释的人士包括卓敬、暴昭、练子宁等，他们视死如归，被迫接受酷刑，其中铁铉甚至割掉鼻耳塞入口中询问是否甘心，最终以凌迟刑处死。这些人的家属和亲友也遭到了牵连，大批流离失所者，只是在明仁宗时才开始获得赦免，而直至明神宗时才完全平反。在大规模血腥镇压之余，更有魏国公徐辉祖遭逮捕并削爵，其孙魏国公爵位由来也有变；黄观曾经状元，因某种原因失去了这一身份。
然而，这段历史中的许多细节依旧存在争议，比如方孝孺如何绝食抗命，以及他的家族成员如何惨死。一时间，“燕贼篡位”、“忠愤激发”、“百世凛然犹生气”的故事传遍了整个帝国，但正史记载并不完整，这使得我们对那段动荡年代真实情况仍有一定的疑惑。
