靖难之役后的天下元朝版图在自然的洗礼中展开
朱棣登基之日，燕军入南京后，他在皇宫中放火，这一举动至今仍是谜团。朱棣进入南京后，找到了马皇后的遗体，将其认定为朱允炆，并对其说：“傻小子，何苦如此！”随后他以天子的礼仪安葬了朱允炆，使得建文帝的死讯传遍天下。而关于建文帝的下落，却成为了千古之谜，有说法称郑和下西洋就是为了寻找这位失踪君主。
杨荣迎驾时提醒朱棣先行祭陵或即位，但朱棣拒绝多次劝进，最终在六月十七日谒孝陵，即日即皇帝位，是为明太宗（后改名成祖）。他重建奉天殿，并刻制玉玺。同年十一月十三日，他封王妃徐氏为皇后。
靖难之后，朱棣不承认建文年号，将其三年改为洪武三十二至三十五年，再更名为永乐元年。他恢复了被贬官员的职务，同时废除了许多与前朝相悖的法律规定。但一些有利于民生的政策也被撤销，如减轻浙西地区田赋等。
诛杀前臣
当靖难结束时，朱棣发布公告，对那些因左派奸臣而被残害藩王表示支持。他声称这些行动是为了扶持江山社稷和保护亲藩。接着，在六月二十五日，他诛杀了齐泰、黄子澄、方孝孺及灭族。此外，还有873人因为与方孝孺有关而遭受牵连，被处决或流放；黄子澄事件中牵连者共345人。在景清事件中，因密谋刺杀而被杀的人数达八百七十三人，其家乡亦遭屠戮。而众多旧臣由于忠心耿耿，也遭到株连，大量家庭成员受到惨淡待遇直到明仁宗时代才得到赦免，而神宗时代才彻底平反。在此期间，还有人如魏国公徐辉祖曾遭狱囚，但最终释放并削爵；另有一人铁铉，被迫割鼻耳塞入口中问是否甘心，然后凌迟处死。
