靖难之役余波自然考量元朝覆灭原因
朱棣登基后，首先派人寻找马皇后的遗体，以证明朱允炆已去世。六月二十日，他以天子之礼安葬朱允炆，并宣告其死亡。此举为建文帝的死讯制造了假象。然而，朱允炆的下落至今仍是一个谜题，有传言指出郑和下西洋一部分原因便是为了搜寻建文帝的踪迹。
随后，杨荣劝诫朱棣，在即位前应先祭祀祖宗。这条建议被接受，并于六月十七日，朱棣在孝陵进行了祭祀仪式，然后当日即皇帝位，被尊为明太宗（后改称成祖）。他重建奉天殿并刻制玉玺，同时确立新的年号，将建文元、二、三、四年的年号更改为洪武三十二至三十五年，再次更改为永乐元年。
此外，朱棣还恢复了在靖难初期因离间而被贬官的官员职务，如江阴侯吴高，以及其他在建文时期遭受贬斥的人员。而对于一些有利民生的政策也予以废除。
靖难之后，朱棣发布公告，对那些参与左班奸臣所作恶事的人不论罪责大小都将受到惩罚。他进一步诛杀了一些京城中的奸臣，如齐泰、黄子澄和方孝孺等人，其中方孝孺及其门生朋友共计八百七十三人遭到牵连，而黄子澄则导致345人受牵连。在景清事件中，他又对景清及族属进行灭族处置，并屠灭其家乡。此外，还有许多忠于旧朝的人士遭到迫害，其家属亦多受牵连直至明神宗时才得赦免。
