元朝信奉佛教与贸易经济的物品场景
元世祖忽必烈在即位前，即邀请地区的名僧帕思巴东来，即位后，奉为帝师，命掌理全国佛教，兼统领藏族地区的政教。帕思巴圆寂后，他这一系的僧人继续为元帝师，如亦怜真、答儿麻八剌乞列、亦摄思连真等。
每当新皇登基，他们必须先就帝师受戒，然后才能登位。举行诸如修建佛寺、雕刻藏经等佛事费用，都多由国库支出，并常给予寺庙大量田地作为供养。而僧侣则享有一些经济特权。
汉族僧徒与河西回鹘僧仍受到相当待遇。元初一些著名人物，如耶律楚材、刘秉忠等，或被朝廷所尊信，或居政府要职，对于当时佛教的护持起了重要作用。禅宗盛行江南，而天台、白云、白莲等宗也相当活跃。但对佛教教义未有多大的发扬，只有寺院经济和僧尼人数之增加，有甚于过去。而寺院大力经营工商业，这成为元代佛教的一个特殊现象。
管理佛教机构最初设总制院，以国师为领导，后设功德使司（简称功德司），至元二十五年改称宣政院，并扩大管理职权。在各路设行宣政院，代替了功德司的事务。宣政院管辖诸如僧录、僧正、僧纲等官员。此外，还曾撤销行宣政院另设广教总管府十六所，再次罢免广教总管府恢复行宣政院。
据统计，在至元二十八年，全国共有二万四千三百一十八座寺庙和二十一万三千一百四十八名 像尼。这不包括私度之士。如果加上，那么数量恐怕还会更多。
皇室建造了许多官寺，从至元七年到至正十四年，在京城内外各地建成了大护国仁王寺、大寿万安寺、大龙翔集庆寺、大觉海寺，大寿元忠国寺及其他许多土木工程，其中寿安山佛殿铸了一尊巨大的铜像，用铜五十万斤（今北京西山卧佛）。
每个主持者住在约三百人的规定下，每个主要神殿都获得大量田地作为补偿。此外，还规定这些土地可以由太禇宗禋局来处理。在这期间，一些神殿获得了超过六十顷田地，而另外一些则获得了几百顷甚至更多的地产。此外，还有一些更小规模的地产分配给不同的神社使用。
随着神社建设项目的大量进行，也规定每个主要神社都应住满约300人，因此朝廷将大量土地赠送给这些机构。这一点对于地方治理产生影响，因为他们需要负责监督这些土地上的农民工作并收取税款。当时的一些重要政策是限制或禁止那些拥有大量财富的人冒充修道士逃避征税责任，同时确保所有收入均已纳入国家账目中，并且对那些试图隐匿其资产以逃避征税的人进行惩罚。
此外，当时还有禁令要求修道士不得从事商业活动，但同时允许他们参与矿业开采活动。一旦发现任何非法行为都会受到严厉惩罚。如果某个修道士违反规则，将会被迫归还其非法积累的财富，并可能面临法律行动。
