靖难之役余波元朝历史中的自然风云变幻
朱棣登基之举，燕军入南京后，他在皇宫中纵火，建文帝的下落成谜。朱棣进入南京后，找到了马皇后的遗体，将其认定为建文帝，并对其表示哀痛。随后，以天子礼葬了他，使人以为建文帝已去世。而他的真实归宿至今仍是历史上的一个未解之谜。
据说郑和的下西洋之一目的就是寻找建文帝的踪迹，而胡濙则秘密探访江浙一带。朱棣在南京被迎立为皇帝，但他并没有立即称王。他先于六月十四日谒孝陵，然后才接受诸王及大臣们的劝进，即位成为明太宗（后改名成祖）。他重建奉天殿，并刻制玉玺。
七月初一（或说六月十八），朱棣废除了建文年号，将其改为洪武三十二至三十五年，再次更改为永乐元年。他恢复了被贬官员的职务，同时取消了许多改革措施和法律规定。但一些有利于民众的小政策也随之废除。
靖难之后，朱棣发布公告，对那些固守封地而被视为奸臣的人进行诛杀。他认为，这些人的行为导致骨肉相残，因此必须铲除。此举旨在扶持江山社稷和保护亲藩。
当年的奸臣齐泰、黄子澄、方孝孺等人遭到株连，被杀灭族。在方孝孺案件中，有873人受牵连，其中包括他的门生和朋友；黄子澄案件中的牵连者达到345人。此外，还有一批忠良官员因为坚持正义而死，他们家属也遭受惨祸直到明末才得到赦免。而铁铉因不屈，被凌迟处死灭族，其余亲属亦遭报复。此事虽然出现在野史中，但正史上未有记载。
