靖难之役后的中国朝代一览表自然景观中的历史变迁
朱棣登基后，首先派人寻找马皇后的遗体，以证明朱允炆是其子。六月二十日，他以天子之礼安葬朱允炆，并宣告建文帝已故。然而，关于朱允炆的下落，一直成为了一个谜团。
据说，郑和在下西洋时，其一项目的之一便是寻找建文帝的踪迹。而另一路则有胡濙秘密调查江浙地区的情报。此事件之后，翰林院编修杨荣提醒朱棣应该先祭祀祖陵还是先即位。次日，即建文四年六月十四日，诸王及大臣多次上表劝进，但朱棣拒绝。这之后不久（六月十七），他谒孝陵，并于当天即皇帝位，被尊为明太宗（后改称成祖）。重建奉天殿，并刻制玉玺。在同年的十一月十三日，他封王妃徐氏为皇后。
随着他的统治开始，不承认建文年号，是由七月初一（或指六月十八）开始，将其三年改为洪武三十二至三十五年，然后更改为永乐元年。他还恢复了因离间被贬的大量官员职务，如靖难初期因左班奸臣挑唁而遭贬的江阴侯吴高。他取消了许多改革措施，以及与前朝相悖的法律规定。但一些对民众有利的规定也被废除，比如减轻洪武年间浙西地方极重田赋的命令。
此外，在靖难之役中获胜后，朱棣向京城发布公告，对于固守封地藩王因左班奸臣挑唤而导致骨肉被残害的人表示慰问，并宣布要诛杀这些奸臣。最终，在建文四年的六月二十五日，他诛杀了齐泰、黄子澄、方孝孺并灭族。在方孝孺受牵连身亡的情况下，有八百七十三人受牵连死亡，而黄子澄则有345人受牵连。此外，还有一些旧臣因为涉案而死去，他们家属亲人的命运也是悲惨无比，大部份直到明仁宗时才得以赦免，其余的人则直到明神宗时才得到赦免。在这场大规模清洗中，还包括魏国公徐辉祖被捕并释放，以及状元黄观失去身份等事件。此外，还有一些旧臣因为忠诚坚定而不屈服，最终惨死，其中铁铉甚至割掉鼻耳塞入口中询问是否甘心，但仍然坚持己见，最终凌迟处死灭族。而关于方孝孺的一些细节，则出现在野史记载中，其中描述他在面对诛九族威胁时依然保持自我尊严，这段历史细节没有得到官方记录。不过，无论如何，这段历史对于中国乃至世界都是一段深刻且具有启发性的一页。
