靖难之役后的中国历史简表图自然中的变迁
朱棣登基后，首先派人寻找朱允炆的尸体，并在天子礼仪下安葬他，以此来掩盖建文帝的真实死因。这个神秘的死亡事件成为了中国历史上一个长久的谜题，据说郑和下西洋探险的一部分原因就是为了寻找建文帝的踪迹。此外，一些史料记载胡濙也曾私访江浙一带，试图查明真相。
朱棣进入南京后，他被翰林院编修杨荣劝告先行谒陵或即位。在建文四年六月十七日，朱棣前往孝陵进行了祭拜，然后当天便即皇帝位，被尊为明太宗（后改名成祖）。他还重建奉天殿，并刻制新的玉玺。同年十一月十三日，他将王妃徐氏册封为皇后。
朱棣不承认建文年的存在，将其更改为洪武三十二至三十五年的年号，再次更改为永乐元年的纪录。他恢复了被贬官员的职务，如靖难初期因离间被贬的江阴侯吴高。但是，他也废除了许多与前任皇帝洪武时期相悖的法律规定，同时取消了一些有利于民众的小规模改革措施。
诛杀旧臣
在靖难之役结束之后，朱棣发布公告称，对于那些固守封地并被指控与奸臣勾结的人士，无论有罪或无辜，都会受到惩罚。这导致了大量旧臣遭到诛杀，其中包括齐泰、黄子澄和方孝孺等人，他们及其家人的命运悲惨。方孝孺因为坚持不屈而遭凌迟灭族，而他的门生和朋友们也随之牵连而死共计八百七十三人。此外，还有多达千余人受牵连，这场大规模清洗对他们及他们家人的影响深远，只有到了明仁宗时代，大部分人才得以赦免，其余的人直到明神宗时才获得平反。
