明朝真实面貌靖难之役后的自然景观与黑暗背后
朱棣登基后，首先派人寻找马皇后的遗体，以证明朱允炆已故。随后，他在孝陵前哭泣，对朱允炆说：“傻小子，为何如此？”。然后，在建文四年六月二十日，仿佛建文帝已经去世的样子，对外造成假象。而关于朱允炆的下落，一直成为了历史的一个谜团。
据说，郑和下西洋的原因之一，就是为了寻找建文帝的踪迹。此外，还有消息称胡濙曾秘密地到江浙一带调查。
在南京城内，翰林院编修杨荣提醒朱棣：“殿下是否先祭告陵墓或即位？”几天后（六月十七日），朱棣正式谒孝陵，并于当日即位为明太宗（改名成祖）。他重建了奉天殿，并刻制玉玺。同年十一月十三日，他封王妃徐氏为皇后。
朱棣不承认建文年的存在，将其改为洪武三十二至三十五年，再次更改为永乐元年。他还恢复了被贬官员们的职务，但废除了许多与洪武时期相悖的法律规定。一些对民众有益的政策也被取消，如减轻浙西地区极重田赋的一项措施，也被撤销。
靖难之役胜利后的公告中，朱棣声称自己是为了扶持江山社稷和保护亲藩而起兵诛杀那些左宦官挑唆骨肉相残的人。但实际上，他诛杀了齐泰、黄子澄、方孝孺等人，并灭绝其族。这场血腥屠杀导致无数人的死亡，其中方孝孺受牵连者达873人，而黄子澄则涉及345人。景清因密谋刺杀而遭处决，其家乡也遭到了屠灭。在这之后，不少旧臣如卓敬、暴昭等因忠心耿耿，被迫自尽或死于非命，他们家属也遭受牵连，大多数直至明仁宗时才得以赦免，其余的人则要等到明神宗时才能得到赦免。在此期间，铁铉因为坚持原则，被肢解致死，而他的家族亦被灭绝。此事件虽未见于正史，但流传于野史中，有关其勇敢抵抗末端情节。
