靖难之役余波中国历史上最衰弱的三朝在自然逆境中的挣扎
朱棣登基之日，燕军占领南京后，建文帝在宫中自焚身亡，其下落至今仍是个谜。朱棣进入南京后，派人寻找马皇后的遗体，将其认定为建文帝，并对其表示哀痛。随后，在六月二十日的天子礼仪下安葬了“已故”的建文帝，以此制造出他已经死亡的假象。而关于建文帝的真实下落，一直是历史上一个未解之谜，有说法称郑和远征西洋之一目的就是为了寻找他。
朱棣入城之后，被翰林院编修杨荣劝告先行祭祀祖陵或即位。几天后（六月十七日），朱棣正式谒孝陵，并于当日即皇帝位，为明太宗（改为成祖）。重建奉天殿、刻玉玺等，也是在这一时期完成的。此外，他还将王妃徐氏册封为皇后。
靖难结束后的政治清洗也是一场浩大而残酷的事件。在他的命令下，不仅诛杀了齐泰、黄子澄、方孝孺等人，还灭绝了他们的家族。据说方孝孺被凌迟处死，但这段历史并未被正史记载，而是来源于野史传闻。此外还有许多忠心耿耿的人士因为与新政权不符而遭到株连，他们所受苦难令人叹息。
这些措施不仅巩固了新的统治秩序，也让人们认识到靖难之役并非简单的一场内斗，它背後牵涉深远且复杂的情感和利益纠葛。在之后的一些年份里，这些旧臣家属和亲人的命运逐渐得到改善，最终在明朝晚期得到了赦免。但对于那些因忠诚付出的无辜者们来说，他们的事迹却永远留在历史深处，是对他们忠诚与勇气的一个永恒纪念。
