1601年1月24日利玛窦抵达中国北京开始传播天主教在这个场景中利玛窦作为一位意大利的耶稣会传教士在
1600年5月18日，利玛窦带着庞迪我神父和准备好的礼物再次前往北京，并于1601年1月24日抵达。进呈自鸣钟、圣经、《万国图志》等珍贵物品，得明神宗信任。同年，明神宗下诏允许利玛窦等人长居北京。但中国的朝廷并未意识到，利玛窦的长期居留在北京实际上是为了传播天主教。
之后，在北京，利玛窦以其丰富的东西方知识结交了中国士大夫，与宾客讨论天主、灵魂、天堂和地狱，同时编撰新书，如《二十五言》，获得了一些中国知识分子的尊重。到1605年时，北京已经有200人信奉天主教，其中包括一些公卿大臣，最著名的是翰林徐光启。
1610年5月11日，利玛窦病逝于北京，被赐葬于平则门外的二里沟。他指定龙华民接任教会职务。在他逝世前，他对中西文化交流做出了巨大的贡献，是一位学者和耶稣会传教士。他除传播天主教之外，还广泛传播了西方的科学技术知识，对中西文化交流产生了深远影响。
关于他的评价，有多方面的声音：教宗若望·保禄二世认为他是“大汉学家”，因为他融合了司铎与学者、天主与东方学家的身份；日本作家平川佑弘将他誉为“人类历史上第一位集欧洲文艺复兴时期各种学艺和中国四书五经古典学问于一身的巨人”；美国《生活》杂志将他评为公元第二千年的百名最有影响力的人之一；罗马天主教会认为他的最大贡献是在“文化交融”的领域，而丘成桐则指出，他在肇庆引入现代数学，使得从某种意义上说，“中国现代数学起源于肇庆”。
